มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ อนุญาตให้นักศึกษาแต่งกายตามเพศสภาพหรือเพศสภาวะ หรืออัตลักษณ์ทางเพศที่ไม่ตรงกับเพศกำเนิด เพื่อส่งเสริมความเท่าเทียมทางเพศและคุ้มครองมิให้เกิดการเลือกปฏิบัติโดยไม่เป็นธรรมระหว่างเพศ ทั้งนี้ ที่ประชุมคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย (ก.บ.ม.) ครั้งที่ 5/2565 เมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม 2564 ได้เห็นชอบประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เรื่อง แนวปฎิบัติการแต่งกายของนักศึกษาตามเพศสภาพหรือเพศภาวะ หรืออัตลักษณ์ทางเพศไม่ตรงกับเพศกำเนิด พ.ศ.2564 แล้ว โดยให้นักศึกษามีสิทธิแต่งกายด้วยเครื่องแบบนักศึกษาที่ใช้เป็นปกติ หรือในงานพิธีการ ตามเพศสภาพหรือเพศภาวะ หรืออัตลักษณ์ทางเพศของตนได้  รวมทั้งนักศึกษามีสิทธิแต่งกายด้วยเครื่องแบบนักศึกษาเฉพาะกรณี ตามเพศสภาพหรือเพศภาวะ หรืออัตลักษณ์ทางเพศของตนได้ เว้นแต่การแต่งกายของนักศึกษาในรายวิชาปฏิบัติการให้เป็นไปตามข้อกำหนดการแต่งกายของแต่ละคณะ